與親子鑒定常染色體STR基因座比較，Y-STR分型的法醫(yī)學應用具有以下特點。
1 親子鑒定Y染色體為男性所有，對單拷貝Y-STR基因座，每個男性個體僅有一個等位基因，因此Y-STR分析在法醫(yī)物證鑒定中的特殊意義在于混合斑痕中推斷男性個體的最少人數；而多拷貝Y-STR基因座，每個男性可有一到多個等位基因，且分型結果中單峰和多峰間呈明顯的劑量效應關系。
2 親子鑒定Y-STR呈父系遺傳特征，只能由父親傳遞給兒子，同一個父系的所有男性個體均具有相同的Y-STR單倍型（除非發(fā)生突變），故在父系親緣關系鑒定中有一定的使用價值。
3 在減數分裂過程中，Y-特異性區(qū)不發(fā)生重組，所有親子鑒定Y-STR基因座均連瑣遺傳，故不能采用乘法原則將各基因座等位基因頻率相乘，而應將所有Y-STR基因座分型結果視為一個單倍型，再根據被測男性所在群體的單倍型頻率分布評估證據價值。
4 評估親子鑒定Y-STR鑒別能力的指標是遺傳差異度（GD）。GD=1-Pi。GD值即Y-STR的個體識別能力DP值，數值也等于其非父排除率（PE）。
