為實現STR遺傳標記的分析，須確定重復區(qū)域兩側序列恒定的側翼區(qū)域。知道側翼序列后就可設計引物，擴增分析重復區(qū)域。識別新的STR遺傳標記有下列兩種方法：①在GeneBank等DNA序列數據庫中尋找重復6次或更多的連續(xù)重復單元(Weber及May，1989； Collins et a1．，2003；Subramanian et a1．，2003)；②通過分子生物學分離法尋找(Edwards et a1．， 1991; Chambers及MacAvoy,2000).
      STR重復序列以重復單位的長度命名。二核苷酸重復具有兩個核苷酸一個接一個的重復。三核苷酸的重復單位有3個核苷酸，四核苷酸的有4個，五核苷酸的有5個，六核苷酸的有6個。理論上講，一、二、三、四、五、六核苷酸的重復分別會有4、16、64、256、1024、4096種可能的核心序列排列方式（Jin et al.,1994）。    

       STR序列不僅在重復單位的長度和重復次數上不同，而且其重復次數增加的模式嚴格講也是不一致的。按照重復模式的不同，STR被分成幾類。簡單重復中重復單位的長度和序列一致，復合重復由兩種或兩種以上的簡單重復連接而成，復雜重復則可能包含幾種不同長度的重復單元，并且重復單元之間可能含有不同長度的插入序列( Urquhart et a1．， 1994)U。高變復雜重復具有大量長度和序列不一致的等位基因，因此給基鼠分型帶來函難（urquhart etal.1993 ,Gill et al. 1994）。最后一種分類方法在法醫(yī)實驗室并不常用，因為實驗室間等位基因的命名和檢測存在差異。目前有兩種包含高變復雜STR基因座SE33（有時稱ACTBP2）的商業(yè)試劑盒(Urquhart et a1．，1993；Promega Corporati仰，2002；Applied Bio-systems，2002)。
      對一個STR基因座而言，并非所有的等位基因都包含完整的重復單位。即使是簡單重復也可能在完整重TH01之間插入不一致的等位基因。微變異即指含有不完全重復單位的等位基因。比如THol的等位基因9.3，它包含9個四核苷酸完全重復和一個不完整的三核苷酸重復，因為第7個重復的AATG重復中缺失了一個A('Puers et a1．，1993)。