有證據(jù)表明，迄今為止世貿(mào)中心（WTC）遇難者的DNA鑒定是世界上規(guī)模最大的法醫(yī)工作案例。從雙子塔倒塌后形成的高達70英尺，重達百萬噸的碎石堆中共搜集到了超過19917份人體遺骸。尸體遺骸的初期搜集和分類是從2001年9月至2002年5月。而DNA鑒定工作持續(xù)了超過三年的時間---直到最后一塊瓦礫從原世貿(mào)中心遺址清除以后兩年半才結(jié)束。最后，從雙子塔倒塌時遇難的2749人中共鑒定出了1558名遇難者。如果不使用DNA技術(shù)，只能其他形式的鑒定方法，如指紋和牙齒特征，遇難者中僅會有一小部分人可以被鑒定出來。直到2004年6月15日，共鑒定了8705份從世貿(mào)中心現(xiàn)場搜集的殘骸樣本，并證明與1558名遇難者有關(guān)。

    從世貿(mào)中心現(xiàn)場搜集到的生物檢材都經(jīng)歷了建筑倒塌時形成的高壓以及近3個月由于地下火而形成的815℃的高溫。兩架飛機撞擊雙子塔后泄露的航空燃油形成的熊熊大火足以瞬間融化支撐建筑的鋼梁，從而使建筑物倒塌。人體殘骸在這樣一個類似“高壓鍋”的環(huán)境里通常會互相摻雜、破碎甚至氣化。

    紐約法醫(yī)總局法醫(yī)生物物證室主任Robert Shaler博士多個月來一直負責世貿(mào)中心遇難者DNA檢驗鑒定工作。Shaler博士和他的組員們負責部分鑒定工作并協(xié)調(diào)所有的外部鑒定公司和顧問的工作。他們在尋找遇難者DNA分型與直接來自個人或來自遇難者生物學親屬的參照樣本之間的匹配的復雜過程中，日以繼夜不知疲倦的搜集每一條可能的信息。一個由Charles Brenner 博士編寫的叫做DNA View的計算機軟件在許多涉及親緣鑒定的案件中起了舉足輕重的作用。

    2001年的“9.11”悲劇事件引起了法醫(yī)界幾個重要的變革（Vastag,2002）。包括從骨骼中提取DNA的新方法（Holland et al.,2003）、小片段擴增或miniSTRs、單核苷酸多態(tài)性(SNP)以及高通量線粒體DNA測序。此外，還開發(fā)了一些新的計算機軟件，用于幫助提取的樣本之間以及提取的樣本與參照樣本之間的比對。

    廣泛用于世貿(mào)中心遇難者鑒定的三個計算機軟件是：M-FISys,DNA View和MDKAP。M-FISys通過直接匹配運算法則信息分類和鑒定；DNA View通過遺傳學分析推斷親源關(guān)系；而MDKAP通過兩兩比對進行親緣鑒定分析。MDKAP的新款商業(yè)版稱為Bloodhound 程序。

    DNA鑒定工作的其中一項巨大困難是復查各個實驗室送來的大量數(shù)據(jù)。為了從19 917份搜集的生物樣本中找到2 749名遇難者，共得出了超過52 528份STR分型數(shù)據(jù)、16 938份SNP分型數(shù)據(jù)及31 155份mtDNA序列數(shù)據(jù)---這確實是一項龐大的工程。從大多數(shù)搜集到的樣本中只打到了部分DNA分型，這使得到一個可以信賴的DNA鑒定結(jié)果變得異常困難，通過互相拼接補充到完整的DNA圖譜。Brenner 和Weir(2003)描述了群體性災難中主要的鑒定遇難者身份的方法和策略。鑒定人體殘骸過程的主要步驟分3步：取樣、篩選、檢測。當多數(shù)家庭成員遇難時，應用叢運算法則重建家系。

    正如Gill等（2004）所指出的，與普通刑事案件相比，在群體性災難調(diào)查中可以更容易地使用如SNP等最新遺傳標記。這是因為國家DNA數(shù)據(jù)庫長期以來一般只用一系列特定的基因座，而群體性災難調(diào)查只涉及與災難有關(guān)的人員，不需要國家DNA數(shù)據(jù)庫的介入。但是在同一起群體性災難中，參照樣本和搜集的樣本要用相同的遺傳學標記學標記和檢驗方法。