傳統(tǒng)意義上的親子鑒定是檢驗(yàn)假設(shè)父、母、子三人，謂三聯(lián)鑒定。但在下列情況僅檢驗(yàn)父子或母子，即單親親子鑒定，謂二聯(lián)鑒定：⑴在母親肯定，僅懷疑父親的親子鑒定類(lèi)中，有時(shí)男方為了讓女方知道他的懷疑，往往帶孩子作單親鑒定；⑵未婚媽媽欲帶子女移民或入戶(hù)；⑶丈夫或妻子婚外情所生子女欲隨父或母移民或入戶(hù)；⑷父、母一方已亡，需確認(rèn)父子或母子關(guān)系。目前，單親鑒定有增多趨勢(shì)，約占總親子鑒定數(shù)的20%～30%。

    單親親子鑒定的原理與雙親均檢驗(yàn)的相同，但由于單親檢驗(yàn)時(shí)，各遺傳標(biāo)記系統(tǒng)的非父排除率比三聯(lián)鑒定的低，又如D18S51基因座，在廣東漢族群體中，三聯(lián)非父排除率為0.785，二聯(lián)非父排除率為0.563。如不違反遺傳規(guī)律，但親檢驗(yàn)由于缺少母親一方的遺傳信息，計(jì)算的父權(quán)指數(shù)一般也較均檢驗(yàn)的低。為了得到明確的結(jié)論，故檢測(cè)項(xiàng)目應(yīng)比三聯(lián)鑒定多，才能使CCE大于0.9995，不排除親子關(guān)系時(shí)，RCP值大于0.9995。如只檢測(cè)STR基因座，一般需檢測(cè)16個(gè)以上的基因座。

    線粒體DNA因?yàn)槭窃诤巳旧w外，遺傳時(shí)不經(jīng)過(guò)有絲分裂和減數(shù)分裂，通過(guò)卵細(xì)胞傳遞，所以母親與孩子的mtDNA序列是相同的，在母-子單親親子鑒定中有較大應(yīng)用價(jià)值。其PI=1/某個(gè)mtDNA遺傳標(biāo)記的人群頻率。但必須注意，與母親有血緣關(guān)系的個(gè)體，無(wú)論男女均有相同的mtDNA型，檢驗(yàn)結(jié)果，當(dāng)母子之間有不同的mtDNA型時(shí)，可作出否定結(jié)論；有相同mtDNA型時(shí)，不能作肯定結(jié)論，尤其是當(dāng)懷疑姐妹兩人或姨甥女之間有一人為生母時(shí)，檢測(cè)mtDNA型不能提供任何信息，應(yīng)該以常染色體STR為主。

    由于父子具有相同的Y染色體遺傳標(biāo)記，所以檢測(cè)Y-STR基因座鑒定父子血緣關(guān)系不需要母親的任何信息，在父子單親親子鑒定中有特殊意義。但Y-STR與mtDNA類(lèi)似，與父親有血緣關(guān)系的男性個(gè)體，均有相同的遺傳標(biāo)記，故在兄弟兩人或叔侄之間確定誰(shuí)是生父時(shí)，檢驗(yàn)Y-STR無(wú)價(jià)值。