差異分離法是有機(jī)取法的改編版，可分離上皮細(xì)胞和精子細(xì)胞。差異分離法最早見于1985年，現(xiàn)在FBI實(shí)驗(yàn)室和其他一些法醫(yī)實(shí)驗(yàn)室中廣泛用于分離性犯罪案件檢材的男性和女性成分。這種方法將男性成分與受害者DNA分型分離，從而更易解釋許多強(qiáng)奸案件中犯罪者的DNA結(jié)果。

    差異分離法的過程包括在樣本中首先加入SDS/蛋白酶K混合物，孵育破壞女性上皮細(xì)胞。隨后用SDS/蛋白酶K/二硫蘇糖醇（DTT）混合物裂解精子細(xì)胞核。DTT可以破壞組成精子核膜蛋白的二硫健。差異分離法的原理是沒有DTT時(shí)精子細(xì)胞核不能被消化。稍早的常規(guī)有機(jī)法和差異分離法最主要的區(qū)別是最初的孵育只有SDS/蛋白酶K，而沒有DTT。

    差異分離法在多數(shù)性犯罪案件中可以成功分離女性和男性成分。但是，一些性犯罪案件的犯罪者由于做過輸卵管結(jié)扎術(shù)而沒有精子。精子匱乏的精液，也是沒有或極少精子，就不能用差異分離法將其同女性成分分離。在這種情況下，用Y染色體特異性遺傳標(biāo)記可在女性DNA過多時(shí)推斷男性DNA。性犯罪案件樣本的男性和女性成分分離的失敗則會導(dǎo)致犯罪者和受害人的混合DNA分型。

      男女混合樣本一般是提供混合精斑和可疑男性樣本及可疑女性的樣本。做混合精斑中男性的DNA信息與可疑男性的DNA信息的親子鑒定，以及混合斑中女性的DNA信息與可疑女性的DNA信息的親子鑒定。