甲醛固定和石蠟包埋組織中的DNA因受甲醛作用脆性增加，受機械剪切力作用后容易發(fā)生斷裂。因此，提取DNA過程中，應盡量減少提取過程中的操作步驟，減少對DNA分子的額外損傷。此外，甲醛固定和石蠟包埋組織提取的DNA中存在著一些不能通過蛋白酶K消化和有機萃取法去除的PCR反應抑制因子，如某些染色劑小分子對DNA聚合酶的抑制，以及DNA嚴重降解后出現(xiàn)的大量寡核苷酸碎片可競爭性結合PCR反應體系中的Mg2+，降低Mg2上的有效濃度，從而降低Taq酶的活性，同時還可干擾引物與模板的結合而降低PCR擴增效率。這種抑制劑作用隨檢材量的增加，其抑制效果越加明顯。因此，對于甲醛固定和石蠟包埋組織及病理切片DNA的提取，以及對DNA模板的進一步純化相當必要。目前比較有效的提取方法是以硅基質作為提取純化DNA的材料的QIAGEN法和IQ法，以及比較廉價簡便的Chelex-100法。