若被測(cè)男子不能排除孩子的生物學(xué)父親，那么我們就要用統(tǒng)計(jì)學(xué)來(lái)計(jì)算其為孩子生物學(xué)父親的可能性。此時(shí)通常計(jì)算父權(quán)指數(shù)（PI）。
    父權(quán)指數(shù)（PI）是兩種假設(shè)可能性的比值，分子表示父權(quán)概率，分母表示同種族的隨機(jī)男子是孩子生物學(xué)父親的概率。具體來(lái)講，分子指假設(shè)被檢男子為生父，檢出基因型的概率；分母指假設(shè)隨機(jī)男子為生父，檢出基因型的概率；父權(quán)指數(shù)是兩種不同假設(shè)下概率間的死然率比率。這個(gè)似然比率反映了（如一系列等位基因）第一種假設(shè)是第二種假設(shè)的多少倍，從而判斷其證據(jù)作用。隨機(jī)匹配時(shí)，未檢測(cè)的隨機(jī)男子遺傳給孩子某一等位基因的概率與該人群次基因頻率相同。
    PI通常用X/Y來(lái)表示，X是被控父（AF）提供基因的概率，Y是該人群隨機(jī)男子提供基因的概率。通常，AF為純合子時(shí)X等于1，AF為雜合子時(shí)X等于0.5。在計(jì)算隨機(jī)男子提供生父基因概率時(shí)，常常要使用不同遺傳標(biāo)記等位基因頻率分布的人數(shù)數(shù)據(jù)。
   對(duì)于所有被檢的遺傳基因座，先計(jì)算每個(gè)基因座的PI值，各個(gè)基因座的PI的乘積則為累積父權(quán)指數(shù)（CPI）?？隙ㄓH權(quán)關(guān)系的最低標(biāo)準(zhǔn)PI值為100或更大。PI值等于100意味著被控父為孩子生父比隨機(jī)男子為孩子生父的可能性大99倍。
    親權(quán)鑒定中使用的另一種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法是計(jì)算非父排除率，它是指若親源關(guān)系符合Hardy-Weinberg 平衡定律，所有基因型頻率排除率。用于計(jì)算親源關(guān)系統(tǒng)計(jì)學(xué)的計(jì)算機(jī)程序有DNA View。

    親子鑒定技術(shù)數(shù)據(jù)分析時(shí)，每一個(gè)基因座位點(diǎn)都需要計(jì)算父權(quán)指數(shù)，累計(jì)父權(quán)指數(shù)就是所有檢測(cè)的位點(diǎn)的父權(quán)指數(shù)累計(jì)相乘，累計(jì)父權(quán)指數(shù)是親子鑒定技術(shù)質(zhì)量控制的一個(gè)指標(biāo)，他代表需要檢測(cè)的位點(diǎn)的數(shù)量是否在行業(yè)質(zhì)量控制的范圍內(nèi)（國(guó)標(biāo)累計(jì)親權(quán)指數(shù)大于9999）。