在親子鑒定報告里面會有對DNA鑒定的整個實驗說明和數(shù)據(jù)分析以及結論，其中有一項檢驗結果是：實驗中陰性及陽性對照結果均正確。他是用來監(jiān)控實驗過程，證明實驗的正確與否的。那么陽性和陰性對照是怎么樣運用的呢？
Melton和Nelson(2001)提出在mtDNA分析中兩個主要的目標是：1. 在檢驗的任一階段防止污染，保持證據(jù)的終實性；2. 最大限度地收集存留于任何載體的mtDNA信息。質控樣本和待測樣本同時進行試驗的每一個步驟，用上面提到的兩個目標來監(jiān)測和評估試驗是否成功。
利用空白試劑盒陰性對照來評估污染，空白試劑對照監(jiān)測從提取到最后序列分析的污染，而陰性對照監(jiān)測從擴增到最后序列分析的污染。除不加DNA外，試劑或提取空白對照進行待測樣本的所有步驟。在PCR擴增步驟中介紹的陰性對照或擴增空白對照和待測樣本使用同樣的試劑，只是用去離子水代替了DNA模板。如果空白試劑和（或）陰性對照出現(xiàn)特異擴增，導致和待測樣本的序列相同，那么待測樣本的所有數(shù)據(jù)必須舍棄，必須從擴增開始重復，再次進行檢驗分析。
盡管盡最大努力保持實驗室環(huán)境清潔，但有時還會發(fā)現(xiàn)實際對照污染。由于mtDNA分析時一項非常靈敏的技術，因此，低水平污染比較常見。例如，Mitotyping Technologies 報道過去兩年間的檢案中，在1218次PCR反應中有29次（2.4%）實際對照出現(xiàn)擴增。這種污染與工作人員或最近處理的樣本均無必然關系，而被認為可能是某一次性槍頭或PCR管出現(xiàn)的偶發(fā)性污染。
如果在試劑對照或陰性對照中同時觀察到污染，未知樣品的結果并不一定必須舍棄。通過人工混合樣本的研究表明：為了獲得可靠的序列數(shù)據(jù)，我們可以設定背景污染的閾值。例如：FBI實驗室已經(jīng)建立了10：1規(guī)則，即在PCR后的數(shù)據(jù)分析中試劑對照或陰性對照出現(xiàn)污染的比例必須低于被檢測樣本數(shù)的十分之一。由于在這些程序中要進行PCR產物質量分析，因此采用樣本/污染比是可行的。最近的研究表明：規(guī)則是穩(wěn)妥和可靠的。
陽性對照是用已知mtDNA序列的樣本表明擴增和測序反應方行正常。陽性對照通常是經(jīng)過擴增、測序和數(shù)據(jù)分析的已知DNA樣本。FBI實驗室采用HL60細胞株作為陽性對照。
